Francesca Cassinari è diplomata in Canto e specializzata in Canto Barocco e Musica da Camera. Ha seguito masterclass con Claudio Cavina, Gloria Banditelli, Claudine Ansermet e Lorna Windsor.
Si dedica in particolar modo alla polifonia vocale, cantando nei più importanti ensemble italiani, coi quali si è esibita in molte delle più prestigiose sale da concerto. È membro de La Compagnia del Madrigale, La Fonte Musica, Il Canto di Orfeo, Cantica Symphonia, La Venexiana, e si è esibita con Cappella Reyal de Catalunya, Collegium 1704, Coro RSI, L'Astrée, Club Médiéval. Come solista e in ensemble ha collaborato con Concerto Italiano (del 2017 la tournée in Spagna, Cina e Australia con l'Orfeo di Monteverdi nei ruoli di Messaggera e Speranza e alla Carnegie Hall di New York con Coronatione di Poppea nel ruolo di Virtù e Valletto), La Risonanza (recentissima la partecipazione nel ruolo dell'Angelo nella Resurrezione di Haendel al Bozar di Bruxelles, al Concertgebouw di Bruges e all'Arsenal di Metz), La Divina Armonia (più volte al Festival di Utrecht con cantate del barocco tedesco e nel 2018 al festival di Hall in Tirol con lo Stabat Mater di Pergolesi), Pian&Forte, Stile Galante.
Tra le varie incisioni discografiche si ricordano: con La Compagnia del Madrigale Il pianto della Madonna (travestimenti spirituali e composizioni sacre di Monteverdi), il Sesto libro e il Terzo libro de' Madrigali e i Responsoria di Gesualdo, il Primo libro de' Madrigali e il Quinto libro a 6 di Marenzio e il recente Vespro della Beata Vergine di Monteverdi, tutti pubblicati da Glossa Music e insigniti di Diapason d'Or de l'année e del Gramophone Award; con La Venexiana Orfeo, Coronatione di Poppea, Il Ritorno di Ulisse in patria di Monteverdi e il Concerto delle Dame di Luzzasco Luzzaschi. Con Stile Galante ha registrato cantate di Porpora e Vinci per Pan Classics.
Canta regolarmente anche polifonia tardo medievale e rinascimentale. Con La Fonte Musica ha registrato il cd Le Ray au Soleyl (ORF/Alte Musik) e Metamorfosi 300 (Alpha, Diapason d'or); con Cantica Symphonia mottetti e messe di Dufay e la Missa l'Homme Armè di Busnois (Glossa Music).
Francesca frequenta anche il repertorio da camera e contemporaneo (A Dog's Heart di A. Raskatov alla Scala di Milano e all'Opéra di Lyon con Il Canto di Orfeo). Nel 2003 si è laureata in Scienze della Comunicazione con la tesi Programmi di musica colta nella televisione italiana.